V mineralogickej časti zbierok sa venuje pozornosť hlavne zberom minerálov z oblasti Považského Inovca. V oblasti Kálnice a Selca sa vyskytuje uránová mineralizácia, ktorá je viazaná na spodnopermské tzv. selecké vrstvy v dvoch rudných horizontoch. Sprevádzaná je aj menším výskytom rúd medi, zinku a olova. Ďalšou súčasťou mineralogickej zbierky je kolekcia vzoriek z lokality vzácnoprvkového pegmatitového telesa v Moravanoch nad Váhom. Lokalita je známa výskytom berylu, ktorý tu tvorí aj niekoľko desiatok centimetrov dlhé stĺpčekovité kryštály. Zaujímavosťou sú vzorky z lokality Piešťany – Rádiový vŕšok, kde vystupujú „piešťanské pestré vrstvy“ – piešťanská formácia. Ide o pieskovce a zlepence panónskeho veku, poznačené nízkoteplotnou hydrotermálnou premenou. Minerálne druhy sú zastúpené kalcitom, baritom, chalcedónom, kaolinitom, halloyzitom, hematitom, limonitom a oxidmi mangánu. Všetky spomínané minerály sa zúčastňujú aj na fosilizácii organického materiálu (flóry). Mineralogická zbierka je doplnená o vzorky minerálov z celého územia Slovenska.
